Nấm Mối Đen tự nhiên vì xuất hiện ở ổ mối đất nên thường có kích thước nhỏ hơn. Thân của nấm thường có hình tròn. Phía trên đầu nấm có màu trắng đục phình to ra và phần dưới thì lại nhỏ.
Cây nấm khi chưa nở ra, phần mũ của nấm sẽ có hình dáng cụp xuống giống như một chiếc búp hoa, ô dù. Nhưng khi nở ra, mũ nấm sẽ có màu trắng tươi và bung ra như một chiếc ô dù.
Nấm Mối Đen trưởng thành thường sẽ đạt chiều cao từ 10 đến 15 cm. Thân nấm trưởng thành sẽ có màu hơi sạm đen, hình trụ bán kính đạt từ 0,5 đến 1,5 cm. Mũ nấm khá nhỏ chỉ đạt bán kính từ 3 đến 5 cm. Nhiều nấm trưởng thành đạt được dinh dưỡng nhiều hơn thì nấm có thể đạt tới 10 đến 15 cm. Thịt nấm có màu trắng. Bộ rễ của nấm là loại rễ cắm sâu dưới đất. Và nấm thường mọc đơn lẻ. Còn nấm mối trắng/nấm mối tự nhiên có kích thước nhỏ hơn và phần thân có màu trắng nõn.